Estudo em toda a Alemanha estabelece padrões de qualidade para analisar o genoma do tumor

A medicina personalizada com terapias adaptadas individualmente está se tornando cada vez mais uma realidade no câncer. Isso requer uma análise precisa do material genético dos tumores, um perfil tumoral de diagnóstico molecular. Um grupo de pesquisa da Rede Alemã de Medicina Personalizada (DNPM) registrou os padrões de qualidade de acordo com os quais as análises de genoma são realizadas na Alemanha.

A sua investigação foi publicada na Revista Europeia do Câncer. Os dados são um pré-requisito para integrar o sequenciamento de genes em cuidados de rotina. O grupo de trabalho liderado pelo Professor Albrecht Stenzinger da Faculdade de Medicina da Universidade de Heidelberg estava encarregado do projeto.

Quase nenhum outro campo médico está mudando tão rapidamente quanto a medicina do câncer. Isso se aplica ao conhecimento sobre doenças tumorais, bem como ao desenvolvimento de novas terapias. Nas últimas décadas, a pesquisa mudou cada vez mais para o nível biológico molecular.

Cada vez mais, as características genéticas dos tumores estão sendo decifradas, algumas das quais são alvos adequados para terapias direcionadas. A visão para o futuro é criar um perfil biológico molecular para cada tumor individual, que pode ser usado como base para o conceito de terapia.

Agora é possível “ler” genes individuais, uma seleção de genes ou até mesmo todo o material genético de uma pessoa. Sequenciamento de genes, sequenciamento de painel, exoma e sequenciamento de genoma são os termos técnicos. O material genético — DNA (ácido desoxirribonucleico) — é uma informação criptografada que usa apenas algumas letras.

Patologistas moleculares como o Prof. Stenzinger, chefe do estudo e chefe do Centro de Patologia Molecular do Instituto de Patologia do UKHD, conseguem ler e entender esse código cada vez melhor. Para fazer isso, a amostra do tumor é primeiro processada, quebrada em seus blocos de construção junto com suas informações genéticas e então analisada.

A “salada de letras” resultante é então organizada e estruturada por bioinformatas com a ajuda de computadores de alto desempenho. O resultado é um livro legível contendo as informações genéticas do respectivo paciente, ou mais precisamente, seu tumor.

Um procedimento de qualidade garantida é essencial aqui. Esta é a única maneira de garantir que o sequenciamento de uma e mesma amostra em dois institutos diferentes leve a um resultado idêntico e, portanto, também à terapia apropriada. No entanto, qual método é usado para sequenciar o material genético e quão bom é o resultado da análise ainda não foi sistematicamente registrado na Alemanha.

Pelo menos não no que diz respeito ao sequenciamento de uma parte particularmente relevante do genoma, o chamado exon. Exons são todas seções de informação genética que contêm blueprints (códigos) para proteínas. O genoma inteiro é muito mais extenso.

Teste em toda a Alemanha

Para seu inventário, os pesquisadores examinaram seis amostras de tumor e quatro amostras de referência já conhecidas em um total de 21 centros universitários de câncer espalhados pela Alemanha.

“A grande maioria de todas as análises de sequência são realizadas em hospitais universitários. Isso nos deu uma boa visão geral da qualidade do sequenciamento de tumores na Alemanha”, diz o professor Stenzinger.

Os resultados dos testes mostraram um alto nível de concordância entre os resultados de diferentes institutos, mas não uma concordância completa. O próximo passo para o grupo de pesquisa é, portanto, desenvolver padrões que possam ser usados ​​para otimizar a qualidade do sequenciamento de exon.

Um ponto de partida é a filtragem dos numerosos desvios genéticos encontrados em amostras individuais de tumores. Eles devem ser verificados quanto à relevância com a ajuda de grandes bancos de dados.

“A maioria dos desvios não tem mais significância, mas alguns impulsionam o crescimento do tumor ou dão às células cancerígenas uma resistência particular e, portanto, são alvos terapêuticos recompensadores. Se padronizarmos mais os critérios de filtragem, podemos aumentar a concordância dos resultados do teste para quase 100 por cento”, diz o Dr. Michael Menzel, primeiro autor do artigo e bioinformata do Instituto de Patologia do UKHD.

Medicina personalizada é trabalho em equipe

O projeto piloto “genomDE”, iniciado pelo Ministério Federal da Saúde da Alemanha, foi lançado recentemente com o objetivo de ancorar o sequenciamento abrangente no tratamento padrão em caráter experimental.

Ao mesmo tempo, os dados devem ser coletados dessa forma, o que beneficiará futuras pesquisas sobre o câncer. Isso é conhecido como cuidado gerador de conhecimento. Os custos do sequenciamento genético serão financiados pelas empresas de seguro saúde. Após cinco anos, será revisado se os benefícios justificam os custos. Se sim, o sequenciamento genético deve ser integrado ao tratamento padrão a longo prazo.

No entanto, a medicina personalizada com qualidade garantida só é possível em uma equipe interdisciplinar com uma ampla gama de expertise, como enfatiza o Prof. Stenzinger. O grupo de trabalho de Heidelberg faz parte da Rede Nacional de Medicina Personalizada (DNPM) com vários centros certificados que pretendem ser pioneiros e trabalhar juntos com sucesso em uma base interdisciplinar.