Equipe de pesquisa explora ‘tesouros’ de dados descartados na pesquisa do câncer

Taxa de bactérias mais abundante encontrada na análise da bexiga. Em (A), abundância relativa do gênero entre as amostras. Em (B), diagrama de Venn de presença/ausência: perfil metagenômico de tecido de câncer de bexiga obtido de dados capturados de sequenciamento genômico total (WGScd) em comparação com pesquisa de literatura de perfil metagenômico de câncer de bexiga de urina obtido de amplicon de rRNA 16s de sequenciamento. Os dados do táxon foram convertidos para gênero, pois nem todos os trabalhos apresentam resultados na resolução de espécies. Crédito: Oncoalvo (2022). DOI: 10.18632/oncotarget.28308

A pesquisa do câncer melhorou significativamente nos últimos anos, principalmente devido à tecnologia de sequenciamento de próxima geração (NGS). Consequentemente, uma enorme quantidade de dados genômicos e transcriptômicos foi gerada. Na maioria dos casos, os dados necessários para os objetivos da pesquisa são usados ​​e as leituras indesejadas são descartadas. No entanto, esses dados eliminados contêm informações relevantes. Com o objetivo de testar essa hipótese, os pesquisadores adquiriram dados genômicos e transcriptômicos de conjuntos de dados públicos.

Em uma nova perspectiva de pesquisa publicada em Oncoalvo, pesquisadores do Instituto Metrópole Digital da Universidade Federal do Rio Grande do Norte e do Núcleo de Pesquisas em Oncologia e do Instituto de Ciências Biológicas da Universidade Federal do Pará usaram ferramentas metagenômicas para explorar dados genômicos do câncer; anotações adicionais foram usadas para explorar ncRNAs diferencialmente expressos de experimentos de miRNA, e variantes adjacentes a amostras de tumor de experimentos de RNA-seq também foram investigadas.

“Aqui, demonstramos estratégias potenciais para se beneficiar de informações não direcionadas resultantes de investigações de câncer de alto rendimento”, afirmaram os pesquisadores.

Em todas as análises, novos dados foram obtidos: a partir de dados de DNA-seq, as taxonomias do microbioma foram caracterizadas com um desempenho semelhante à pesquisa metagenômica dedicada; a partir dos dados miRNA-seq, sncRNAs expressos diferencialmente adicionais foram encontrados; e nos dados de tumor e tecido adjacente ao tumor, variantes somáticas foram encontradas.

Esses achados indicam que dados inexplorados de experimentos de NGS podem ajudar a elucidar a carcinogênese e descobrir biomarcadores putativos com aplicações clínicas. Outras investigações devem ser consideradas para o design experimental, oferecendo oportunidades para otimizar dados, economizando tempo e recursos, ao mesmo tempo em que concede acesso a múltiplas perspectivas genômicas da mesma amostra e execução experimental.

“No total, nossos resultados fortalecem a hipótese de que informações adicionais e potencialmente úteis abundantes podem ser extraídas do NGS. Além disso, a investigação integrada de todas as informações disponíveis deve fornecer uma interpretação mais ampla e robusta do cenário molecular de cada experimento”, concluem os pesquisadores. .

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